Strani bagliori sovrastano la tranquilla cittadina di Mossingham e annunciano l'arrivo di un misterioso visitatore proveniente dalla galassia più lontana… ma, nella vicina Fattoria Mossy Bottom, Shaun ha altre cose per la testa dato che i suoi piani dispettosi vengono continuamente rovinati da un esasperato Bitzer. Quando un misterioso, piccolo extraterrestre cade con il suo UFO nella fattoria di Mossy Bottom, Shaun non si lascia scappare l'occasione di vivere una nuova, incredibile avventura. Insieme ai suoi amici di sempre, la simpaticissima pecora si lancerà, così, in un'emozionante missione per aiutare la strana creaturina a tornare a casa, mentre una losca agenzia governativa inizierà a starle alle calcagna... Riuscirà Shaun ad evitare il Farmageddon nella fattoria e riportare l'alieno a casa sua, prima che sia troppo tardi?